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小麦90K基因分型芯片

小麦是我国重要的粮食作物, 研究起来相当困难, 基因组庞大而复杂。利用中高密度的小麦基因分型芯片进行分析, 可大大简化分析时间, 节约成本。BC贷与北京市农林科学院北京杂交小麦工程技术研究中心联合推出的这款BC贷 小麦9 0 K 基因分型芯片 ( K P S W h e a t 9 0 K C h i p ) 拥有高质量的位点信息, 可应用于品种鉴定、遗传多样性分析、种质资源遗传背景分析、遗传图谱构建、基因定位、关联分析以及分子标记辅助育种等方面研究。

Chip introduction

芯片介绍    

中高密度, 质量高

芯片包含8 4 , 6 6 1 个S N P 位点, 平均c a l l r a t e > 9 8 % , 均为二态位点, 平均遗传距离小于0 . 1 c M , 是小麦芯片中有效检出率最高的芯片。

适用范围广

通过育成品种筛选。 经过中国春、济麦2 2 等涵盖我国十大麦区大面积推广品种、骨干亲本、地方品种等验证, 适合所有小麦品种。

高质量标记多

去除紧密连锁位点的冗余标记、 Po l y H i g h R e s o l u t i o n 类型位点> 8 3 % , 所有标记均清晰可见, 是目前高质量位点占比最高的芯片。

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多态性高

M A F > 0 . 2 , 能区分近等基因系; 两亲本分离群体中多态性> 5 0 % 。

基因组信息清楚

所有标记物理位置与遗传距离明确, 且部分标记功能清楚, 主要与品质、抗病、穗发芽等性状有关。

分布较均匀

多态性标记在普通小麦基因组中均匀分布, B 基因组占3 9 . 6 % , 其中A 基因组占3 8 . 0 % , D 基因组占2 2 . 4 % 。

性价比高

与国外同等密度芯片相比, 有效标记数高约2 倍; 与国内其他芯片相比, 有效位点占比更高, 属中高密度, 应用更广泛。


应用案例


  • 基因定位技术路线

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  • 遗传连锁图谱绘制及QT L 定位

遗传连锁图谱( G e n e t i c l i n k a g e m a p ) 是指同一条染色体上不同基因或专一多态性标记之间的排列顺序及其相对距离的线形图。QT L 定位就是将表型和连锁图谱通过统计方法结合起来分析, 最终将控制数量性状的基因定位到染色体上。

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高密度遗传连锁图谱是解析作物复杂性状遗传结构的重要前提。小麦基因组大而复杂阻碍了高分辨率遗传图谱的获取。研究利用科农9 2 0 4 和京4 1 1 为亲本的1 8 8 个重组自交系通过小麦芯片进行基因分型、 绘制了高密度遗传图谱并对穗粒数进行了QT L 定位。其中q k n p s - 4 a 基因被定位在4 A 染色体上、 为该主效QT L 的精细定位及图位克隆奠定了基础, 解释表型变异率为8 % ~ 2 1 . 2 % 。


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小麦RIL群体的高密度连锁图基于两种方法的QTL重叠区域